NSA w wyroku z dnia 20 marca 2013 r. (sygn. I FSK 687/12) oddalił skargę Ministra Finansów, który twierdził, że opłaty za udostępnianie przewoźnikom, krakowskich przystanków autobusowych nie są zwolnione z VAT ponieważ nie są związane z wykonywaniem władzy publicznej, a co za tym idzie nie korzystają ze zwolnienia przewidzianego w art. 15 ust. 1 pkt 6 ustawy o VAT. Jak uznał Sąd, w przypadku krakowskiego ZIKIT, zwolnienie z podatku VAT powyższych opłat jest uzasadnione ponieważ zgodnie z ww. artykułem nie uznaje się za podatnika VAT organów władzy publicznej oraz urzędów je obsługujących w zakresie realizowanych przez nie zadań, które nałożone zostały odrębnymi przepisami prawa i dla realizacji których zostały powołane. Wyjątkiem od powyższej reguły jest sytuacja w której usługi są wykonywane przez organy na podstawie zawartych umów cywilnoprawnych. W tym jednak przypadku, podstawą pobierania opłat przez ZIKIT nie jest umowa cywilnoprawna, a uchwała rady miejskiej, na podstawie której ZIKIT pobiera opłaty na rzecz gminy. Jak przyznaje NSA, gdyby podstawą do pobierania opłat przez ZIKIT była umowa, opłaty te nie mogłyby korzystać ze zwolnienia przewidzianego w art. 15 ust. 1 pkt 6 ustawy o VAT. Ponadto jak zauważył Sąd podstawą do poboru przedmiotowych opłat przez gminy jest ustawa o publicznym transporcie zbiorowym, a gminy mają obowiązek zapewnienia mieszkańcom transportu zbiorowego.