Konsekwencją nadania S.K.A. podmiotowości na gruncie ustawy CIT jest wprowadzenie dwóch poziomów opodatkowania dochodu wypracowanego przez tą spółkę ? podobnie jak ma to miejsce w odniesieniu do pozostałych spółek-podatników podatku CIT, tj. spółki z ograniczoną odpowiedzialnością i spółki akcyjnej.
Wspólnicy S.K.A., tj. zarówno jej akcjonariusz, jak i komplementariusz, zostaną opodatkowani od faktycznie uzyskanego przez nich dochodu z uczestnictwa w zysku takiej spółki. W przypadku jednak wypłaty zysku na rzecz komplementariusza przyznane zostanie mu prawo do odliczenia od podatku naliczonego od wypłat z zysku kwoty podatku zapłaconego przez S.K.A. od własnych dochodów, w części, w jakiej zapłacony przez S.K.A. podatek ekonomicznie obniżał wypłacony komplementariuszowi zysk tej spółki. Żaden z nich nie będzie zatem opodatkowany na bieżąco z tytułu prowadzonej przez S.K.A. działalności gospodarczej.
Jak wspomniano, opodatkowanie z tego tytułu będzie bowiem następowało na poziomie samej spółki.
Wprowadzono zasadę, zgodnie z którą przepisy ustawy PIT i CIT, w brzmieniu nadanym ustawą zmieniającą, związane z nadaniem S.K.A. podmiotowości prawno-podatkowej stosuje się począwszy od pierwszego dnia roku obrotowego tych spółek rozpoczynającego się pod dniu 31 grudnia 2013 r.
W sytuacji gdy S.K.A powstanie po upływie 14 dni od dnia ogłoszenia ustawy zmieniającej i jej rok obrotowy nie będzie pokrywał się z rokiem kalendarzowym, a także gdy S.K.A po tym dniu dokona zmiany roku obrotowego S.K.A. będzie zobowiązana do zamknięcia ksiąg rachunkowych i sporządzenia sprawozdania finansowego na dzień 31 grudnia 2013 r. W takim przypadku pierwszy rok podatkowy spółki rozpocznie się z dniem 1 stycznia 2014 r. i trwać będzie do końca przyjętego roku obrotowego.
Nowelizacja ustawy o CIT przewiduje również zmianę podatkowego rozliczania umów o subpartycypację. Rozwiązania zawarte w noweli ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych umożliwiają bankom rozliczanie w czasie przychodów podatkowych uzyskanych z transakcji subpartycypacji i rozpoznawania kosztu uzyskania przychodu w tym samym czasie tj. co do zasady, w terminach wymagalności spłaty rat kredytów (pożyczek) objętych umową o subpartycypację.
Ustawa wprowadza ponadto zmianę do ustawy o PIT polegającą na przyznaniu podatnikom będących spadkobiercami prawa pomniejszenia przychodów z odpłatnego zbycia udziałów w spółce kapitałowej oraz papierów wartościowych, wykupu przez emitenta papierów wartościowych albo odkupienia (umorzenia) tytułów uczestnictwa w funduszach kapitałowych, a także zwrotu wkładów albo udziałów w spółdzielni, nabytych przez podatnika w drodze spadku – o koszty poniesione na ich nabycie przez spadkodawców.
Zmiany w ustawie o podatku tonażowym mają charakter dostosowawczy i stanowią konsekwencję rozszerzenia zakresu podmiotowego podatku dochodowego od osób prawnych o spółki kapitałowo-akcyjne.
Zmieniająca ustawa wchodzi w życie z dniem 1 stycznia 2014 r., z wyjątkiem przepisu przejściowego przewidującego obowiązek zamknięcia ksiąg rachunkowych, który wchodzi w życie po upływie 14 dni od dnia ogłoszenia (tj. 12 grudnia 2013 r.).
Ministerstwo Finansów zrezygnowało z pomysłu opodatkowania spółek komandytowych. W trakcie prac nad nowelizacją odstąpiono również od wprowadzenia zmian przepisów eliminujących wątpliwości w zakresie skutków przekształcenia spółki kapitałowej w spółkę osobową, a także opodatkowania świadczeń niepieniężnych (w tym dywidend rzeczowych) po stronie wypłacającego.