Od 1 lipca 2018 r. wszystkie średnie i małe przedsiębiorstwa zostały również objęte obowiązkiem przekazywania ksiąg podatkowych i dowodów księgowych na żądanie organów podatkowych w formie Jednolitego Pliku Kontrolnego. Największe podmioty muszą rozliczać się w tej formie już od lipca 2016 roku. Podatnicy, którzy zdecydowali się na prowadzenie księgowość przy użyciu oprogramowania komputerowego muszą właśnie w takiej formie, w ciągu trzech dni, przekazywać firmowe ewidencje, których zażąda od nich organ kontrolny. Należy pamiętać, że za nieudostępnienie danych w formie JPK grozi kara porządkowa do 2800 zł.

Przypomnijmy, że Jednolity Plik Kontrolny to zbiór informacji dotyczących operacji gospodarczych, narzucający wymóg udostępniania ksiąg podatkowych i dowodów księgowych w określonym układzie, czasie i formacie, pobieranych bezpośrednio z systemów finansowo-księgowych przedsiębiorcy i udostępnianych organom podatkowym wyłącznie w wersji elektronicznej. Rozwiązanie to pozwala organom podatkowym, w dość krótkim czasie, za pomocą oprogramowania komputerowego, przeprowadzić szereg testów na otrzymanych danych finansowo-księgowych takich jak na przykład zbadać związki przychodów

z kosztami ich uzyskania, porównać wielkość zakupów ze sprzedażą czy też sprawdzić numery wielu faktur pod kątem ich poprawności.

Przedsiębiorca ma obowiązek przesyłania co miesiąc Jednolity Plik Kontrolny, ale poza tym standardem, organ podatkowy może zażądać od przedsiębiorcy przesłania JPK na jego żądanie. Takie żądanie może nastąpić na przykład w toku prowadzonego postępowania podatkowego, czynności sprawdzających lub kontroli podatkowej. Pamiętajmy, że warunkiem realizacji żądania organu podatkowego jest prowadzenie księgi podatkowej przy użyciu programu komputerowego. Jednakże pojęcie „programu komputerowego” nie zostało jednoznacznie zdefiniowane na potrzeby stosowania JPK, dlatego przyjmuje się, że jest to zaawansowany program finansowo-księgowy, ale także program biurowy, w tym arkusz kalkulacyjny.

Przekazywanie ksiąg za pomocą środków komunikacji elektronicznej odbywa się za pośrednictwem oprogramowania znajdującego się na stronie internetowej Ministra Finansów. Oczywiście transfer danych musi być uwierzytelniony kwalifikowanym podpisem elektronicznym albo profilem zaufanym. Podatnicy będący osobami fizycznymi mogą do końca 2018 r. opatrywać przesyłane pliki danymi autoryzującymi.